Третий объект, отобранный институтом Marduk, третье дитя. Он застенчив, необщителен, сомневается в ценности своей жизни, привык быть один и, впадая в депрессию, может убежать из дома и жить на улице, ночуя в кинотеатре. Так как он отвергнут отцом, считает себя никому ненужным. Практически не имеет друзей (в сериале показаны только два школьных друга — Кэнсукэ Аида и Тодзи Судзухара). Свою работу пилота Синдзи не любит и два раза за сериал пытается покинуть место пилота. К необходимости же защищать человечество относится достаточно безразлично. Так, в первой серии, кроме него, некому было защищать город-крепость Токио-3, однако Синдзи отказывается пилотировать Евангелион до тех пор, пока не возникает угроза, что вместо него посадят тяжело раненую Рей Аянами, первое дитя.
Свободное время Синдзи заполняет игрой на виолончели и прослушиванием плеера. Особенно часто слушает плеер, находясь в депрессии. Также хорошо готовит и без всякой подготовки обладает идеальной синхронностью действий с Рей там, где на синхронизацию со вторым дитя, Аской, уходит неделя.
Несмотря на своё отношение к работе, Синдзи обладает уникальными способностями к пилотированию. Даже Рей Аянами потребовалось семь месяцев для синхронизации с Евой, а Синдзи без всякой подготовки достигает 41,3 процентов синхронизации. Впоследствии Синдзи за несколько месяцев превосходит по уровню синхронизации Аску, несмотря на то, что ранее она имела самый высокий среди пилотов уровень синхронизации и тренировалась в течение 10 лет. Ангелы проявляют к нему особый интерес.
