Skeleton Knight

Друг Нагатэ и Изаны. В дальнейшем у неё появляются чувства к Нагатэ, и она начинает соперничать с Изаной за его внимание. Была назначена помощником командира на борту Сидонии в операциях стражей. Позднее переезжает в дом Нагатэ.

Пилот юнита № 702, занимающая второй номер среди стажеров, влюблена в Нагатэ.
Позднее погибла и была поглощена Гауной. Использовав ДНК и воспоминания Шизуки, Гауна создала Бенисузуме.
После победы над Бенисузуме Нагате извлёк из его кабины образец плаценты напоминающий Шизуку.  Образец был помещён в отдельную камеру, и перед последующими событиями практически смог полностью повторить личность Шизуки
Позднее Очиай вызывает у неё беременность, используя человеческую ДНК, чтобы создать Цумуги и Канату.

Главный персонаж, клон Сайто Хироки, которого он считает своим дедом. Первоначально Нагатэ создавался для того, чтобы перенести в него мозг постаревшего Хироки. Однако Хироки решил украсть младенца и просто передать ему все свои знания. В отличие от членов бессмертного комитета, поддерживающих свою вечную жизнь медикаментами, Нагатэ обладает врожденным бессмертием. Также его раны исцеляются значительно быстрее, чем у прочих обитателей Сидонии. Однако, в отличие от них, он не способен к фотосинтезу.

Принадлежит к новому третьему полу, гермафродит, возникшему за сотни лет человеческой эмиграции в открытом космосе. Изана также пилот-страж, быстро ставшая лучшим другом и соседом Нагатэ; со временем влюбляется в него, в связи с чем тело «переключается» на женский пол. Во время своего первого вылета в качестве пилота, теряет руку и ногу. Потерянные конечности заменили протезами, позволившие ей выполнять сложные манипуляции с гораздо большим мастерством, чем обычный человек. Пилот юнита № 723.

Гибрид Гауны и человека (химера), созданная Kunato Developments для борьбы c Гаунами.
Размер Цумуги практически равен размеру стража (около 15 метров). А с её боевым мастерством может соперничать лишь Нагатэ.
Цумуги во время службы сильно сблизилась с Нагатэ и Изаной, путешествуя по вентиляционной системе Сидонии одним из своих щупалец.