Эмм... Какая занятная анатомия.
Мы прихуярим к плавникам плавники, чтобы ты мог плавники плавники плавники...

Насыщенная у тебя жизнь

Там речь шла о ручном наращивании для отдельных файлов. Здесь идёт тотальное переименование, даже тех файлов, которые и так с нужной разрядностью. И намного быстрее. Собственно, в этом и суть вопроса ТС: как быстро сделать так, чтоб было удобно читать. А не "Как переименовать файлы без наращивания нулей не используя ничего кроме самой читакли". Так что доёб не засчитан.

Вся процедура от начала до результата занимает секунд 30, если файлов не сотни тысяч.

Не, доращивание нулями - это извращение. Сверху дали правильный способ, только частями, в разных комментах.
1. Ставишь натуральную сортировку в ТС.
2. Выделяешь всё, живёшь Ctrl+M
3. В открывшемся окошке в маске переименования ставишь [C] - это автоматический счётчик, который все файлы в списке переименует в 1,2,3... Если файлов у тебя несколько десятков или сотен - справа внизу в окошке "Digits" выбираешь 2 или 3. Это количество разрядов в счётчике. Соответственно, результат будет 01,02,03...09,10,11... или 001,002,003...010,011...099,100,101 и.т.д.
Если не настроить правильную разрядность, то механизм будет работать в виде 8,9,10,11...99,100,101. Т.е. получишь на выходе то же что было на входе.
Будущий результат будет отображаться в этом же окне во второй колонке, так что до применения можно проконтролировать что всё получается правильно.

...а меня-то за что?

Исповедь подкожного паразита

... и не на своей