Кусанаги является главной героиней вселенной Ghost in the Shell, работающей в 9 отделе МВД Японии. В детстве попала в авиакатастрофу и потеряла семью. После двух лет комы, родственниками было принято решение провести полную кибернетизацию её тела. Только её мозг и один сегмент спинного мозга остались человеческими и помещены в защитную оболочку, которые обеспечивают жизнедеятельность, взаимодействующую с её телом и расширяют функциональность мозга — кибермозг.
Мотоко научилась управлять своим искусственным телом в совершенстве, что делает её первоклассным оружием. Отмечая выдающиеся способности Кусанаги в военном искусстве, почти все обращаются к ней не иначе как «майор». После службы в армии, Кусанаги перешла в МВД, где был создан отдел по борьбе с терроризмом и компьютерной преступностью (9 отдел). Её кибермозг позволяет буквально «нырять» в компьютерные сети. К тому же высокопрочное тело, весом в 2 центнера делает майора крепким бойцом, наделенным внушительной физической силой. Кусанаги неплохо владеет тхэквондо, прекрасно стреляет и к тому же является первоклассным хакером. Её способности не позволяют идентифицировать себя с людьми.
Порой, майор наблюдает за своими сотрудниками отдела или просто скрывается на время ото всех. Для этого она использует свои детские тела, которые решила сохранить себе.
Шеф то обезьяной стал.