Нарушение физики в движениях, скоростях, массах и в всяких других штуках служат для той же самой цели.
Часть ответа выше сожрало.

Любая фантастика требует определенных допущений (даже строго-научная), важно не нарушать логику внутри самой истории. К примеру управление роботом посредством рычагов и кнопок, при наличии нейроинтерфейсов.

А что касательно анимации, то при абсолютно реальных пропорциях выйдет нечто несколько уродливое (у Диснея неплохо получалось, но и он "стилизовал"), так что анимация, и даже 3d игры, тем или иным способом изменяют пропорции, силуэты и пр. Все для того, что бы наш мозг сам "идеализировал" картинку.
Vandread.. ага, вспомнил, две серии посмотрел >_
"Аниматрица" частично раскрывает тему.
На самом деле ту с Евами особый случай, суть в том, что это "боги", почти. По сути ничего общего с мехами и роботами. Т.е. не стоит задача "победить огромного монстра огромным роботом", задача сводиться к "клонировать бога, посадить внутрь психа и устроить апокалипсис".
1. Какой реализм в аниме, где ученые пускают под нож богов? XD
Не, на самом деле лично мне в Еве нравятся только три вещи: это дизайн Ев, Аянами Рей и технология управления биомехами.

2. Касательно пропорций это равно относится к любой анимации (кроме реалистичной, которая есть и в аниме), а по здравости кино с книгами не далеко ушли (если не пытаться сравнивать школоло-сенены со взрослыми западными произведениями). Тут Призрак в Доспехах конечно в ряде первых из лучших, но это таки не уникальное явление.
1. Роботы? Это киборги с заменой мозга и части органов.
2. Хм, какого именно автора/студии? Или в целом анимация не нравится?

Хех, тут вспомнил мангу Choudennou Paraxis:
Хотя в Матрице, соглашусь, машины сами все допустили, хотя подозреваю что по иным причинам :)
Идея прикольная, скажем если мой разум подселиться к ИИ, возможно так и поступил бы. Но у самой машины, изначально, нет инстинктов позволяющих заскучать, как у тех же людей (не ко вселенной Матрицы).
Однако можно перейти на их сторону.